木叶43年。
天色暗了，有旭日将之点亮。可若是人心暗了，该由什么去引导？
木叶的某处基地中，二十年间，愈加趋向于黑暗，丧失人性。根之忍者，没有名字，没有感情。只知服从命令，宛若丧尸走肉一般，纯机器属性，可怜而又可恨！
距离第二次忍战，已有四五年。在整个忍者都趋向于和平时，有一个人在此期间，行走于黑暗之中，行那黑暗冷血与不可告人之事之人――
志村团藏！
三代目猿飞日斩年轻时候的同伴与友人，彼此有着很深的羁绊。用现代的言语来形容的话，两人基情四溢，情到深处，你侬我侬。志村团藏在竞争火影之位失败后，借助着猿飞日斩的愧疚心理，怀着对木叶火影之位的野心组建了根之暗部。
任何组织初建之时，总是不那么顺利。志村团藏的“根”组织，历程很艰辛来的。有了火影暗部的珠玉在前，村子里谁还进入籍籍无名的“根”部？
于是，优秀的忍者都纷纷以进入暗部为荣。“根”部所能吸纳的，只有忍者天赋低下的一群人。且年纪大了，性格方面所能改变的甚少，所以根组织第一代人是失败的。不止如此，在未来的二十余年中，经历了十余代人，新旧替换，仍旧是失败的。
在这个漫长的岁月中，志村团藏终于总结出了一套属于并适合自己的真理――
隐藏、蛰伏、唾弃、鲜血、罪孽、人性……
木叶，延展向温暖的阳光之处；树根，深入黑暗的泥土之中。火影之位既然已经遥遥不可及了，那么便当一个隐藏于黑暗与幕后之人。扼杀一切影响木叶和平之人，对于木叶有威胁之人。哪怕成为双手沾满鲜血的、被人憎恶的屠夫，亦在所不惜！
至根组织的建立，到如今二十余年，团藏的心一直在变化着，摇摆着。一直徘徊于木叶的利益至上，还是木叶火影那遥不可及的掌控者的身份……
在志村团藏快要放弃之时，第二次忍战结束让他看到了希望。艰难生活在忍界的那些流离失所的孤儿们，那些在战争中牺牲的优秀忍者所留下的遗孤，拥有可怕天赋却得不到有心人引导，尚未成熟却值得改造的孩子们――
木叶的未来？
志村团藏的希望！
岁月不可复制，年纪愈见老迈。当上火影，猿飞日斩已经逐渐忘了忍者间的战斗，沉溺于所谓的木叶最强、忍界之雄的封号之中，不可自拔，固步自封……与志村团藏同属于一辈人，彼此又是一直以来的竞争者，谁又强谁多少？谁有输谁多少？
一个力争上游，继续冲刺着忍道之路，艰难的努力与进步。一个“荒废”忍学，在安逸的生活中逐渐丧失了争强好斗之心。
忍者，如逆水行舟，不进则退！