距离地下车库爆炸案已经过了好几天，此时柯南正坐在毛利侦探事务所里听着三名一起上来的委托人讲着此次委托给毛利大叔的失踪案——是一名叫作板仓的软件设计师失踪了。
“他这次真的很奇怪啊，明明接了三份工作，但是现在却消失了。”
“对啊，我们分别委托他制造将棋，围棋，西洋棋的游戏软件，但是他同时接这么多工作也不知道他在想什么。”
“对了，那个视频，给毛利先生看一下吧。”
委托人拿出一台笔记本电脑，板仓卓录下的视频大意是表示自己会到远离事务所的地方慢慢设计，请三人耐心等待软件完成，还提到了自己的心脏不太好。
“原来如此，看视频里面他确实是在酒店里面，如果是这位板仓先生如各位所说是一位出名的cg制造者以及软件设计师的话，他有没有可能被什么人绑架了？”
“啊，还真有可能，我在两年前见到过一个满口关西腔的彪形大汉在板仓先生的公司出现过，那个一身黑的男人还说什么‘你已经没有利用价值了’，满天堂新游戏发布会时他也出现了。”
听到这里，柯南立刻就不淡定了，委托人说的那个人很明显是龙舌兰，虽然龙舌兰已经被意外炸死了，但是就算他被炸死了，也不能说明板仓就和黑衣组织没关系了。
不行！必须赶紧找到板仓先生！
柯南的大脑飞速运转，在看到视频中板仓先生的房间内放着三种棋类之后，立刻使用‘阿勒勒’来提醒了毛利大叔。
然后毛利大叔也很给面子地打通了东京各大酒店的前台电话，假装自己就是那个借了三种棋的古怪客人，然后就从前台套出话来，知道了板仓先生的所在了.
可是当众人赶到了他的房间之后，就发现板仓先生捂着胸口，一探鼻息发现他已经死了！
其他人见此情况立刻报警，而柯南也趁着这个机会通过短信告诉了北原真树，板仓卓这个软件设计师和黑衣组织存在着关系，让他赶紧过来。
本来还打算多休息几天的北原真树打消了让越水七槻去解决案子的打算，自己穿上衣服就立刻过去了。
赶到现场后，柯南没有多说什么，而是隐秘地指了指一个u盘，上面贴着‘日记’二字，而且字体还很大。
“板仓先生在两年开始，他的眼睛和心脏就变得不太好，所以他已经退出了cg制造界，投身于软件设计了。然后现在他却被杀了！难道说他是被黑衣组织的人杀了吗！”
北原真树没有回答，关于板仓卓——他记得这位软件设计师是被组织委托制造一个软件，但是到底是什么软件却一直没有说清楚，最关键的是这个人很可能是琴酒负责的，所以关于板仓他必须只能以一起普通凶杀案的态度来对待。