另外有关刑部方面，大中朝立国之初，因为肖天健没有找到合适的人选，所以刑部尚书之职便暂时空缺，但是这方面的事情却并未停滞下来，他将之前俘获的孙传庭，任命为刑部侍郎，暂时领刑部之事，因为大中朝新立，尚未颁布大中朝的律法，故此大中朝辖域之内便继续以前朝的大明律为依据，进行判罚。
这对于肖天健来说，在以前没有时间关注这件事的时候，还可以接受，但是现如今北方已经暂时平定，大明实质上已经覆亡，所以大中朝作为新朝，却还使用前朝的律法，在他回到南京城有了时间之后，便是他不可接受的。
故此在肖天健一经返回南京之后，便着令刑部官员集中起一批熟知律法之人，全力投入到了新朝律法编修之中，经过两个多月几十个能吏的共同努力之下，一部在大明律基础上重新修改编制的大中律便基本上被制定了出来。
这一部大中律业已呈交到了肖天健手中，肖天健仔细观看了一番之后，提出了一些修改意见，虽然这部大中律，比起之前的大明律更加详细实用了一些，但是远没有后世的法律详细，而且没有刑法和民法之分，但是在这个时代，仓促之间，要效仿后世颁布一系列的法典，也是不现实的。
所以考虑到许多事情是要循序渐进才能逐步推行的，肖天健还是在年前的时候，朱批了这部大中律，下旨开始印刷刊行，年后下发各部以及地方官府给官员们熟悉并且提出意见进行最后修改，并且决定在年后三月间正式启用，弃用之前使用的大明律。
考虑到时间仓促，其中肯定还有许多不完善之处，所以肖天健朱批的时候，特意将这部大中律加上了“暂行”二字，推行使用之后，发现不足之处，今后再进行修改，逐步的进行完善。
而且肖天健还下旨，将这本大中律发放各地之后，令人抄写成布告，择地张贴出来，对全部民众进行公示，派人每日进行宣讲，让民众在推行此法之前，也初步了解此律，并以此来规范个人行为，省的到时候推行起来，很多人不知道。
再者，肖天健认为，古代地方行政官员权力太过集中，职责不清，所有民务全部一把抓，虽然有主薄、县丞、捕头、衙役等辅助人员，但是在司法上权力也太过集中，许多官员，虽然通过科考录用，但是以明代推行的科举考试，读书人所学的面很窄，很多官员根本就不了解律法，主持一些刑罚之事，很容易出现冤假错案，而且还是一个人说了算，也很容易滋生贪、腐之事。
故此肖天健认为，行政权力不能太过集中，司法权要相对于独立，而且司法权也不能太过集中，要对其进行分权，成立类似后世的警察、检察官、法官相互制约的机制。
而且还有一个更重要的原因，就是现如今大中朝许多地方已经平定下来，先前虽然肖天健已经很注意让军方不要过多干涉地方政务，但是在混乱的情况下，军方肯定是需要先以武力平定地方，然后才能将权力交给行政官员，一旦地方局势平定下来，军方便不能再干涉地方政务。