其余的那些还在顽抗的官兵们一看孙应元已经死了，再无一点斗志，于是立即都作鸟兽散，大批刑天军的兵将这才得以突破了定淮门，涌入到了城中，并且迅速的在刘耀本的指挥下，朝着城中四面八方的冲杀了过去。
也就是城门这短暂的一战，孙应元率军给攻入城中的刑天军造成了数百人的死伤，几乎将刑天军给阻止在了定淮门一带，可惜的是大部分官军斗志全失，没有跟着孙应元在这里死战到底，最终孙应元阵亡，定淮门也彻底失守，否则的话，他们甚至完全有可能，将定淮门再给堵上，使刑天军这一次耗尽力气的攻城以失败而告终。
眼看定淮门城头上竖起了一面刑天军的军旗的时候，城外大批刑天军兵将们都齐声欢呼了起来，士气顿时大为提振了许多，随即在肖天健的一声令下，纷纷朝着定淮门之中涌了进去。
本来城中官军数量就已经不多了，随着刑天军越来越多的人马涌入到定淮门之中，南京内城的战况也开始呈现出了一边倒的状态。
丁启睿在刑天军攻破定淮门之后，在诸将的保护下朝城中退却，丁启睿依旧不甘心失败，试图组织兵将反扑夺回定淮门，可是这个时候官军诸将也早就没了斗志，对丁启睿的命令大多都不肯执行，纷纷琢磨着自己的退路，只有少量的军将率部在城中和攻入城中的刑天军进行巷战，且战且退的退往城内。
而后续的刑天军一方面分兵朝城内攻进，一方面则派兵登上城墙，迅速的沿着城墙朝两侧进攻，去夺取更多的城门，一个个城门的守军这个时候也都开始得知南京城已破，顿时士气大衰，纷纷弃守了他们负责的城墙和城门，四处奔逃了起来，使得刑天军势如破竹一般的将几个城门夺占了下来，随即打开城门，放入了更多的刑天军兵将入城。
丁启睿在兵将的护送之下逃到了城西的秦淮河旁边，听着越来越多的地方开始响起喊杀声，越来越多的地方开始出现浓烟，于是便放声大哭了起来，跪地朝着北方连连叩头，自陈有罪，辜负了皇上对他的信任，最终也未能保住南京城，现如今他已经是走投无路，于是转身便要跳入秦淮河之中自尽，可惜他的手下还是将他拉住，裹着他继续朝着城南方向逃去。
一旦南京城这座坚城一处被攻破，城中守军的抵抗便如同多米诺骨牌一般开始垮掉，随着大批刑天军兵将的涌入，官军的抵抗开始显得越来越微弱了下去，待到一天之后，偌大的南京城的内城基本上便被刑天军控制在了手中。
而这一次攻打南京城之所以能够仅仅用了这么短的时间便获得成功，主要原因其实也就是几条，一是到了这个时候，官军之中的兵将们早已没有了誓死保卫南京城的斗志，纷纷投降了刑天军，二就是刑天军的士气很高，而且战斗力十分强悍，最重要的还是肖天健对于火炮的应用，他可以说是开创了这个时代集中使用炮兵的先河，将军中重炮集中使用，最终才轰开了定淮门这个缺口。