但是不管怎么说，当采用了这种整编降军就地保护运河沿线的办法之后，好歹这种办法还是有效的，这些降兵一旦被重新整编之后，有了新的军官予以统御他们，便很快焕发出了远超过他们以前的战斗力，这是一种非常奇怪的现象，如果非要解释这种现象的话，那也只能说是这些降兵们之前只是为了吃饭才给朝廷当兵，但是投降了大中朝之后，他们却认同了大中的统治，转而愿意向肖天健效命，再加上配属到他们之中统御他们的军官，也都是肖天健的旧部，这些军官们熟悉统兵的方式，也很会宣扬肖天健的理念，一旦当兵的认同了他们的目标之后，便会焕发出很强的战斗力。
这些降兵的被重新利用，很快便遏制住了运河上水盗以及两岸流寇的势头，迫使一些流寇和水盗只能放弃了在运河沿线行掠，要么远遁他乡，要么便投降了大中军，使得在肖天健攻下临清的时候，运河上水盗成患的态势便基本上得以了遏制，使得运输船队在运河上行船的时候安全系数也提高了许多。
临清拿下之后，肖天健便率部立即逼向了下一个目标，那就是山东北部的重镇德州。
德州也是一个军事重镇，乃是山东北方门户，历来都是兵家必争之地，按理说大明朝廷也应该对这里非常重视才对，山东布政使司自然也不会轻视这里的防御，可是偏偏在这个时候，山东布政使司失去了他们的管理能力，而大明朝廷现在是连京师都自顾不暇了，德州这个军事重镇，反倒成了没人管的地方。
德州其实这个时候还是尚有一些守军的，但是这帮人现如今成了没人管的官军，守将闻声便先带着家眷逃跑了，剩下的官兵自然也就没人想跟大中军在德州死磕了，于是肖天健本来还打算在德州放手大干一场，结果他尚未赶到德州，德州的一个参将便先带着兵马，出了德州城，迎着肖天健，赶来向肖天健投诚了。
结果肖天健轻取了德州城，甚至连德州城他都没有进，便留下了几十个军官，负责整编德州降兵，他自己便率领大军，绕城而过，沿着大运河猛扑向了河间府境内的沧州。
就在肖天健在后领兵逐步打通大运河的时候，关宁一带的战事却已经到了糜烂的地步，建奴大军围攻宁远城一个月左右的时间，最终攻破了这座绝望的城池，几乎将城中军民屠杀一空，宁远城中的近五万军民不分老幼，在建奴军攻破城池之后，几乎全部被屠杀一空。
本来宁远城虽然弹尽粮绝，但是在洪承畴等人的坚持之下，即便是靠着吃死人肉，还是能坚持一些时日的，但是镇守宁远南门的松山副总兵夏承德却坚持不下去了，眼看着粮草断绝，援军也被建奴军击溃，所有希望都没有的时候，夏承德便不愿再为大明效死，在四月十五的时候，夏承德趁夜派出了亲信潜出城去，联络了建奴，表示他愿意投降，可以为建奴当内应。
于是奴酋皇太极在得知消息之后，便立即挥师攻城，夏承德果真如约在城南门放弃抵抗，开了城门放入了建奴大军，如此一来，宁远城才算是告破，城内军民几乎被建奴军屠杀一空。