而后，刘君韬决定将医护堂划归到民部辖下，成立医护司，司丞为岑熵。
医护司负责发展医学、培养医护人才，研发各种药品、医疗手段。
刘君韬将会在玉山镇成立医护学堂，由岑熵指派专门的医师进行教学，培养医护人才。
同时，刘君韬还决定在山东各县设立医护所，在各州城设立医护堂，全面开放向各地军民百姓提供医疗服务，并且收取少量的钱财。
当山东镇大军出征的时候，医护司也将调集人手，根据实际需要补充到大军之中。
虽然经过改革之后，各营之中都已经配备了常备的医师，但是毕竟人手有限，还是需要医护司提供协助的。
民部的改革事务全部确定下来之后，部长郭永忠便开始忙碌起来。
虽然郭永忠此时已经是头发花白，但是依旧是老当益壮，特别是看着玉山镇越发的兴旺，看着刘君韬锐意进取，心中便欣喜异常，感觉浑身上下似乎有用不完的力气！
而刘君韬也是开始拼尽全力，在处理完民部的改革事宜后，便开始操刀对探查部进行改革。
刘君韬决定改探查部为情报部，部长依旧为刘子安。
同时，原先探查部下辖的坊间司、朝堂司、藩邦司基本上不会有太大的变动，司丞依旧为刘尚、刘忠、刘夏三人。
不过，刘君韬决定增设内政司，司丞为刘子安举荐的郭翼，此人原是藩邦司的一名人员，为人十分干练，对稽查事宜非常在行。
内政司负责对山东镇和玉山镇的各方面进行监管，对贪墨、违规、擅权等进行稽查、上报，说白了内政司就是山东镇对内的探查部门。
之前商部出的几次贪墨案件已经给刘君韬敲响了警钟，所以便在情报部成立了内政司，专门对内部各方进行监管，防止日后再发生类似的案件。
此外，刘君韬还准备在此基础上完善对内部权力的全面监管，但是前提是在不影响办事效率的基础上，决不能将监察机构发展成御史十三台那样的“嘴炮”机构！
刘子安接到整合命令之后，便开始着手进行改革了，并且按照刘君韬的命令开始调配人手。
几乎在同一时间，刘君韬也将赞画部部长蓝思齐找了过来，开始对赞画部进行改革。
此番改革，刘君韬对战略司和参谋司并没有太大的变动，只是招募了不少的人才充盈进两司之中，充实了战略司和参谋司的实力。
同时，刘君韬下令在赞画部增设档案司，司丞为蓝思齐举荐的同乡人才，名叫曹继旺，是个落魄的秀才，不过却对案牍之术非常在行。
档案司负责收集各种战略、历史、情报资料，以及大明周边各方胡族的资料，并且将所有的资料存档备查，在总兵府内设立案牍库房，为战略司和参谋司做出决断提供资料支持。